<아세안연구원>은 1990년대 초 지역연구의 필요성에 관심을 가진 부산외국어대학교 교수들이 중심이 되어 결성한 연구모임인 ‘지역연구방법론연구회’가 모태가 되어, 1996년 출범한 <아주지역연구소>(1997년 ‘아시아지역연구소’로 명칭 변경)를 전신으로 한다. 이후 연구 활동이 주로 동남아시아 지역연구에 집중됨에 따라 2007년 7월 <아시아지역연구소>를 <동남아시아연구소>로 개칭하고, 동남아시아 지역에 대한 연구 활동을 본격화하였다.

동남아시아 지역에 대한 축적된 연구역량을 바탕으로 본 연구소는 「총체적 단위로서의 동남아시아의 인식과 구성」이라는 아젠다를 중심으로 2009년 한국연구재단의 인문한국(HK)지원사업 해외지역연구에 선정되었다. 연간 3억여 원씩 총 10년간(2009.09-2019.08) 연구비를 지원받아 안정적인 연구 및 학술활동으로 펼쳤다. 한편 동남아시아 지역 연구 및 교육의 정체성을 더욱 강조하기 위해 2010년 2월에는 <동남아지역원>으로 연구소명을 변경하였다.

그동안 동남아시아는 지리적 경계의 모호성과 문화적 다양성 등으로 인해 지역연구 단위로서 총체적으로 인식하는 데 어려움이 있었다. 그러나 2015년 출범한 아세안공동체(ASEAN Community)는 국가 간 협의체를 넘어 지역의 새로운 주체로서 그 정체성을 본격적으로 구성하고 있다. 이와 더불어 한-아세안 관계의 심화라는 시대적 요청에 부응하여 본 연구소는 2019년 11월 <아세안연구원>으로 명칭을 변경하였다.